वाघूर नदी महाराष्ट्रातील एक नदी आहे. ती तापी नदीची उपनदी आहे. वाघूर नदीचा उगम औरंगाबाद जिल्ह्यातील अजिंठा लेणी मध्ये झाला आहे. ही नदी औरंगाबादजळगाव जिल्ह्यांमधून वाहते. जळगाव तालुक्यातील शेळगावजवळ वाघूर नदीचा तापीशी संगम झाला आहे.


या नदीने खनन केलेल्या भागात अजिंठा लेणी वसली आहे