भारतीय राजकारणात सय्यद अहमद यांनी जमातवादाची सुरुवात केली. काँग्रेसची राष्ट्रवादाची भूमिका त्यांना मान्य नव्हती . इंग्रज शासनाशी सहकार्य करण्यातच मुस्लिम समाजाचा उद्धार आहे अशी त्यांची गाढ श्रद्धा होती. अगदी १८५७ च्या बंडात मुसलमानांनी भाग घेऊ नये असे आवाहन त्यांनी त्यावेळी केले होते . तसेच कोणत्या मुसलमानांनी बंडात भाग घेतला , कोणी इंग्रजाना सहकार्य केले याचा तपशील इंग्रजाना पटवून देऊन त्यांना खुश केले. सर सय्यद अहमद यांच्या मते , या बंडात मुस्लिमांनी सामील होण्याचे कारण म्हणजे लष्करातल्या हिंदू मुसलमानाचे संयुक्त जीवन होय. या संयुक्त जीवनास त्यांचा विरोध होता. काँग्रेसच्या स्थापनेनंतर हा अलगाववाद वाढीस लागला अगदी आय. सी. एस. च्या परीक्षा भारतात घेण्याच्या काँग्रेसच्या मागणीस त्यांनी विरोध दर्शविला . त्यांच्या मते भारतात या परीक्षा घेतल्यास फक्त हिंदुनाच त्याचा फायदा होईल. हिंदुशी एकजूट करण्यात मुसलमानाचा फायदा नाही असा त्यांचा पक्का ग्रह होता.सय्यद अहमद यांची भूमीका अधिक कडवी होण्यास अलीगड विद्यापीठाचे प्राचार्य बेक यांचाही मोठा वाट आहे. त्यांच्या प्रभावामुळे सय्यद अहमद कट्टर जातीयवादी बनले.व मुस्ल्म्नानाना व्याहारिक फायदे मिळवून देण्याच्या दिशेने त्यांचे प्रयत्न सुरू झाले .