सुरुवातीला गांधीजी ब्रिटिशांना 'अहिंसक नैतिक पाठिंबा' देण्याच्या मताचे होते. पण पक्षातील इतर नेते, भारतीय लोकप्रतिनिधींचे मत घेतल्याशिवाय भारताला एकतर्फीपणे युद्धात ओढल्यामुळे नाखुश होते. सर्व काँग्रेस नेत्यांनी मंत्रिमंडळातून सामुदायिक राजीनामे देण्याचे ठरवले. दीर्घ विचारविनिमयानंतर गांधीजींनी जाहीर केले की, भारत या युद्धाचा एक भाग बनणार नाही, जे युद्ध वरवर तर लोकशाहीवादी स्वातंत्र्यासाठी म्हणून लढवले जात होते आणि दुसरीकडे तेच स्वातंत्र्य भारताला नाकारण्यात येत होते. जसेजसे युद्ध पुढे सरकत गेले तसेतसे गांधीजी स्वातंत्र्याची मागणी तीव्र करत गेले. त्यांनी एक ठराव मांडला ज्याद्वारे इंग्रजांना 'भारत सोडून जा' ([[भारत छोडो आंदोलन|भारत छोडो]]) असे ठणकावण्यात आले. हा गांधीजी आणि पक्षाचा ब्रिटिशांना भारतातून हाकलून देण्याचा सर्वात स्पष्ट व अंतिम प्रयत्न होता.
पक्षातील आणि इतरही काही नेत्यांनी गांधीजींवर टिका केली. यात ब्रिटिशांचे समर्थन करणारे तसेच त्यांना विरोध करणारे दोन्ही गट सामिल होते. काहींना वाटले की इंग्रजांच्या जीवनमरणाच्या अशा या युद्धात त्यांना विरोध करणे अनैतिक होय तर काहींचे मत होते की गांधीजी मिळालेल्या संधीचा पूर्ण उपयोग करून घेत नाही आहेत. भारत छोडो चळवळ भारताच्या स्वातंत्र्यसंग्रामातील सर्वात प्रभावी चळवळ ठरली. यात लाखांच्या संख्येने लोकांना अटका झाल्या, अभूतपूर्व अत्याचार करण्यात आला. हजारो आंदोलक पोलिसांच्या गोळीबारात मरण पावले.गांधीजी आणि त्यांच्या सहकार्यांनी हे स्पष्ट केले की भारताला तात्काळ स्वातंत्र्य दिल्याशिवाय भारत महायुद्धात मदत करणार नाही. गांधीजींनी हेसुद्धा स्पष्ट केले की यावेळेस एखाद-दुसर्या हिंसक घटनेमुळे ही चळवळ मागे घेण्यात येणार नाही. ''खर्या अराजकतेपेक्षा आवरात ठेवलेली अराजकता बरी.'' असे सुचवून त्यांनी काँग्रेस सदस्यांना अहिंसेचे पालन करण्याचे आवाहन केले आणि भारतीयांना 'करो या मरो' (करा किंवा मरा) हा मूलमंत्र दिला.
गांधीजी आणि काँग्रेसची पूर्ण कार्यकारणी समिती यांना इंग्रजांनी ९ ऑगस्ट १९४२ ला मुंबईमध्ये अटक केली. गांधीजींना दोन वर्षासाठी पुण्यातील [[आगाखान पॅलेस]]मध्ये बंदिवासात ठेवण्यात आले. तेथील वास्तव्यात गांधीजींना वैयक्तिक आयुष्यात दोन धक्के सहन करावे लागले. सहा दिवसांनंतरच त्याचे खाजगी सचिव [[महादेव देसाई]] वयाच्या ५०व्या वर्षी हृदयविकाराच्या झटक्याने मरण पावले आणि त्यांच्या पत्नी [[कस्तुरबा गांधी|कस्तुरबा]] १८ महिन्यांच्या बंदिवासानंतर २२ फेब्रुवारी १९४४ ला मरण पावल्या. ६ अठवड्यांनंतरच गांधीजींना तीव्र मलेरिया झाला. त्यांच्या ढासळत्या प्रकृतीमुळे आणि ऑपरेशनच्या आवश्यकतेमुळे त्यांना युद्ध संपण्याआधीच ६ मे १९४४ ला सोडण्यात आले. ते बंदिवासात मरण पावले तर संपूर्ण देश संतप्त होईल अशी भीती ब्रिटिश सरकारला वाटत होती. जरी भारत छोडो आंदोलनाला माफक यश मिळाले तरी करड्या जरबेने व कडक उपाययोजनांनी इंग्रजांनी १९४३च्या अंतापर्यंत भारतातील आपले राज्य सुरळीत ठेवले होते. युद्धाच्या शेवटी इंग्रजांनी भारतीयांच्या हाती सत्ता देण्याचे स्पष्ट संकेत दिले. तेव्हा गांधीजींनी आंदोलन संपवले आणि जवळपास एक लाख राजनैतिक कैद्यांची सुटका करण्यात आली ज्यामध्ये काँग्रेस नेत्यांचापण समावेश होता.
स्वातंत्र्य आणि भारताची फाळणी
१९४६ मधील ब्रिटिश कॅबिनेट मिशनच्या शिफारशी नामंजूर करण्याची सूचना गांधीजींनी कॉंग्रेसला दिली. या शिफारशींमधील मुस्लिम बहुसंख्य राज्यांच्या एकत्रीकरणाबद्दल गांधीजी साशंक होते. त्यांच्या मते ही फाळनीची नांदी होती. पण जरी पक्ष गांधीजींचा सल्ला खचितच मानत नसे, यावेळी मात्र त्यांनी हा सल्ला मानला नाही. कारण [[पंडित नेहरू]] आणि [[सरदार पटेल|पटेलांना]] माहित होते की जर ब्रिटिशांच्या शिफारशी मान्य नाही केल्या तर राज्य कारभाराचे नियंत्रण [[मुस्लिम लीग]] कडे जाईल. १९४६ आणि १९४८ च्या दरम्यान ५,००० हून जास्त व्यक्ती दंगलींनध्ये मारले गेले. गांधीजींनी अशा प्रत्येक योजनेचा जोरदार विरोध केला जी भारताची फाळणी दोन राष्ट्रांत करेल. भारतातील बहुसंख्य मुस्लिम, जे हिंदू आणि शिखांच्या सोबत राहत होते, ते फाळणीला अनुकुल होते.{{संदर्भ हवा}}