अभाअण्णाद्रमुक पक्षाने [[वाजपेयी सरकार]]पुढे मोठया प्रमाणावर प्रश्न निर्माण केले.सरकार सत्तेवर येताच २ आठवडयात [[मद्रास]] उच्च न्यायालयाने केंद्रिय मंत्री एस.आर.मुथय्या यांच्याविरूध्द भ्रष्टाचाराच्या एका खटल्यात आरोप निश्चित केले. त्यानंतर वाजपेयींनी त्यांना राजीनामा द्यायला सांगितले.जयललितांनी या प्रकरणी तात्पुरते मौन पाळले. पण तमिळनाडूतील करूणानिधी सरकार बरखास्त करायची मागणी त्यांनी केली. मुथय्यांच्या राजीनाम्यानंतर काही दिवसातच न्यायालयाने दुसरे केंद्रिय मंत्री बुटासिंग यांच्याविरूध्द १९९३ च्या झारखंड मुक्ती मोर्चा खासदार लाच प्रकरणी आरोप निश्चित केले.त्यानंतर जयललितांनी पंतप्रधान वाजपेयींना पत्र लिहून बुटासिंगांना ताबडतोब मंत्रीमंडळातून काढायची मागणी केली.पत्रात त्यांनी म्हटले ,'जो न्याय मुथय्यांना लावला तोच न्याय बुटासिंगांनाही लावण्यात यावा. तमिळनाडूला एक न्याय आणि इतर राज्यांना दुसरा न्याय अभाअण्णाद्रमुक पक्ष सहन करणार नाही.' वाजपेयींपुढे त्यांना मंत्रीमंडळातून काढण्याशिवाय पर्याय राहिला नाही. त्यानंतर जयललितांनी कधी करूणानिधी सरकार बरखास्त करायची मागणीवरून तर कधी कावेरी पाणीवाटपप्रश्नावरून सरकारवरचा दबाव कायम ठेवला.त्यांची समजूत काढायला वाजपेयींना कधी [[जसवंतसिंग]] तर कधी [[जॉर्ज फर्नान्डिस]] यांना [[चेन्नाई]]ला पाठवावे लागले.
