मालिकेतील आधल्या खेळांप्रमाणे ''सिव्हलिजेशन ५'' मध्येसुद्धा शहरंशहरे ही खेळाचा आधारस्तंभ असतात. एका वसाहतकार घटकाकढून शहरंशहरे निर्माण केली जातात. त्यानंतरजसजशी ह्या शहरांची लोकसंख्या वाढत जाते वतसतसे त्यांमध्ये घटक व इमारती निर्माण केल्या जातात. शहरंशहरे विज्ञान उत्पन्न करतात, ज्यानेव त्यामुळे खेळाडू नवीन तंत्रशास्त्रांचा शोध लावू शकतात. तसेच शहरे सोने निर्माण करतात, ज्याचा खेळात विविध प्रकाराने उपयोग केला जाऊ शकतो असे सोने निर्माण करतात. याबरोबरयांचबरोबर शहरे संस्कृती निर्माणस्थापित करतात,. ज्यानेअशाने त्या शहराच्या सीमा वाढतात व खेळाडू सामाजिक बांधिलकी मिळवतात.
''सिव्हलिजेशन ५'' मध्ये एक खास बदल म्हणजे की शहरे स्वतःच्या संरक्षणासाठी घटकांवर अवलंबून राहत नाहीत. वस्तुतः ते आता स्वतःचे रक्षण करू शकतात व आपल्यापासून दोन टाईलफरशा बाहेर पर्यन्तपर्यंत शत्रुच्याशत्रूच्या घटकांवर हल्ला करू शकतात. शहरांचेशहरांवरील मारहल्ल्यांच्या अंकमोजणीसाठी असतात,गुण जेठेवलेले आहेत. ते मार खालल्यानेखाल्ल्याने कमी होत जातात व मार न खालल्यानेखाल्ल्याने पुनर्जनित होतात. जर का एका शहराचेशहराने सर्व मार अंकगुण गमावले, तर ते शहर हल्ला करणार्याकरणार्या बलालाफौजेला सोपवले जाते. त्यापुढे तोती जिंकणाराजिंकणारी बलफौज शहरालाशहर ताब्यात घेऊ शकतो,शकते व त्यावर एक बाहुलीनामधारी शासनअधिकारी बसवूनेमू शकतोशकते, किंव्हाकिंवा त्यालाते शहर पूर्णपणे उध्वस्त करू शकतोशकते. मार अंक वाढवण्यासाठी खेळाडू एकाएखाद्या घटकाला गरजेच्यागरज असेल त्या शहरात शिबंदी बसवू शकतो किंव्हा त्या शहरात भिंततटबंदी, किल्ला व युद्धसाहित्यगृहासारख्यायुद्धसामग्रीसाठी गोदामे अशा संरक्षणासाठी आवश्यक सुरक्षात्मकअसलेल्या ईमारतीइमारती बांधू शकतो.
